Franz Heckendorf wird 1888 in Berlin geboren. Dort studiert er am Kunstgewerbemuseum und an der Akademie der Bildenden Künste und stellt bereits 1909 erstmals in der Berliner Sezession aus. Seine frühen Arbeiten, oft mit Motiven aus den Landschaften des Balkan und des Zweistromlandes, die er als Flieger im Krieg sah, verwoben, zeigen sich dem Impressionismus verpflichtet.
Erst später entwickelt Franz Heckendorf seinen eigenen Stil, der eher dem Expressionismus nahe steht. Heckendorf geht es nicht um die Wiedergabe der Natur, sondern immer um eine gesteigerte Darstellung des Eindruckes.
Neben zahlreichen Ölgemälden erschafft Franz Heckendorf auch Pastelle und Aquarelle und arbeitet auch als Grafiker. Als seine Kunst während des Nationalsozialismus als entartet betrachtet wird, werden die Bedingungen für den Künstler schwierig. Erst nach dem Krieg kann Franz Heckendorf zunächst an der Wiener Akademie, später in Salzburg als Professor arbeiten.
Bis zu seinem Tod am 17. August 1965 lebt und arbeitet Franz Heckendorf in München.